如何控制废水零排放系统的运行成本，从业主的角度来说，首先是要选择一家专业从事废水零排放系统工程的设计、制造、安装、调试一条龙的一家机构，帮助业主从刚开始的环评阶段，到后面签订合同后的详细设计、施工以及交付。

找到一家或几家专业的从事废水零排放业务的环保公司后，便可以开始比选设计方案了，废水零排放处理设计方案中一般会包含工艺流程、设备清单、装机功率、运行成本、占地面积等这些内容，业主这时候可以对几家或几种方案进行比选。不同的废水零排放处理的设计方案，从一次性投资、运行成本、占地面积、自动化程度等维度来看，差别非常大，不能单一只看一次性投资，否则设备档次和质量会有很大的差距，如果要比较的话，较合适的是把设备档次和运行成本框定好，再去比较价格，或者是先定好预算，在一定的价格区间内，去比较不同的环保公司或不同的方案之间的运行成本、占地面积、自动化水平的差距。只有这样比较才是有实际意义的比较，业主才能得出自己心目中极想要的方案和符合心里预期的投资预算。

下一步，方案比选完成，选定一家环保公司，准备跟其中一家签订废水零排放处理系统的供货合同时，要考虑将运行成本写进合同里，这样对双方才是有约束的，避免后期因为界限模糊或约定不清楚而产生异议，也避免业主能投资得起废水零排放设备，后期不堪高昂的运行成本而苦恼不已。毕竟，对于废水零排放处理系统来说，运行成本特别是电费或蒸汽消耗量，是一项很重要的衡量指标。