混凝法是向制药废水处理水中加入混凝剂，通过产生吸附、中和废水中微粒间电荷、压缩扩散双电层产生凝聚作用，通过破坏废水中胶体的稳定性，使污水中的粒子聚合、集结而沉淀去除的处理方法。混凝法处理难降解制药废水，既能降低污染物浓度又可以提高废水的可生化性能。常用的混凝剂有：聚合硫酸铁、氯化铁、聚合氯化铝、聚合氯化硫酸铝铁、聚丙烯酰胺(PAM)等。利用混凝-Fenton对某制药废水生化处理后的出水进行深度处理，通过投加1.5mL的混凝剂PAM后，再进行Fenton试剂氧化处理，废水中的COD去除率明显提高。而利用混凝预处理某制药废水，CODCr平均去除率可达到17.3%。

       吸附法是利用吸附剂吸附废水中的污染物以回收或去除污染物，从而达到净化废水的方法。常用的吸附剂有活性炭、粉煤灰、炉渣、膨润土、高岭土等。活性炭是目前吸附剂中去除效率较好的，但处理成本也是极高的，会大大增加废水的处理成本。为达到处理效果，同时节约处理成本，目前很多研究者常采用活性炭与其他方法联合对难降解制药废水进行处理。利用混凝/活性炭吸附及其组合工艺对内蒙古某制药废水二级生化出水进行处理，结果表明：活性炭单独对废水中的微生物代谢产物、腐殖酸和富里酸吸附效率均达到90%以上。采用混凝/吸附组合处理总COD去除率则可达到76%以上。而采用Fenton氧化-活性炭吸附协同处理工艺对制药废水二级生化出水，在好的处理工艺条件下，COD去除率可达到68.5%。