在制药生产过程中，不可避免的会产生一些工业废水，即制药废水。它主要包括这几个类型：中成药制作时生成的工业废水，合成医药制作中生成工业废水，抗生药物制作时生成的工业废水以及多种医药制剂制作中生成的工业废水等。工业废水的特点是化学组成复杂以及含有较大的有害物质，成为了目前水污染最为主要的一个来源。针对不同制药废水的特点和化学组成，制药废水技术也因此变得不同。在制药公司或企业生产制药时，所附带生产的制药废水使用相应的技术和措施来进行对废水的降解和净化，就叫做制药废水处理技术。

一般的处理废水应用方法为：

1、物化处理方式。

依照制药废水的不同特点，使用预先准备的处理方法和后续进行的处理工序。

2、化学处理方式。

预先设计好相应的化学处理步骤，对相关的药剂过量排除引起的二次水源污染进行化学处理。

3、生化处理方式。

此种方式是日前制药废水处理技术应用最多的处理技术，使用生化处理制药废水能够起到预防污染环境的作用。因此，使用较为科学先进的制药废水处理技术能将工业废水的污染降到所处环境可以净化的范围，从而起到保护生态环境的作用。